| 1. Ronde | 30.07.2016 | 1. FC Köln II | - | Borussia Dortmund II | 1:4 | ||||
| 2. Ronde | 05.08.2016 | FC Schalke 04 II | - | 1. FC Köln II | 0:1 |  |
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| 4. Ronde | 14.08.2016 | 1. FC Köln II | - | Sportfreunde Siegen | 1:1 | ||||
| 6. Ronde | 26.08.2016 | 1. FC Köln II | - | Rot-Weiß Oberhausen | 1:2 | |
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| 8. Ronde | 10.09.2016 | 1. FC Köln II | - | SC Wiedenbrück | 1:3 | ||||
| 9. Ronde | 17.09.2016 | Bonner SC | - | 1. FC Köln II | 2:3 | ||||
| 5. Ronde | 21.09.2016 | SG Wattenscheid 09 | - | 1. FC Köln II | 0:1 | ||||
| 10. Ronde | 24.09.2016 | 1. FC Köln II | - | Wuppertaler SV | 0:1 | ||||
| 11. Ronde | 01.10.2016 | Viktoria Köln | - | 1. FC Köln II | 2:4 | |
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| 12. Ronde | 07.10.2016 | 1. FC Köln II | - | Fortuna Düsseldorf II | 0:0 | ||||
| 13. Ronde | 15.10.2016 | Rot-Weiss Essen | - | 1. FC Köln II | 5:2 |  |
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| 15. Ronde | 30.10.2016 | Rot Weiss Ahlen | - | 1. FC Köln II | 1:1 | ||||
| 16. Ronde | 05.11.2016 | 1. FC Köln II | - | SC Verl | 2:0 | ||||
| 17. Ronde | 12.11.2016 | Alemannia Aachen | - | 1. FC Köln II | 3:2 | ||||
| 18. Ronde | 26.11.2016 | Borussia Dortmund II | - | 1. FC Köln II | 2:1 | ||||
| 19. Ronde | 03.12.2016 | 1. FC Köln II | - | FC Schalke 04 II | 2:1 |
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