| 2. Ronde | 07.08.2016 | SG Sonnenhof Großaspach | - | Jahn Regensburg | 3:4 | ||||
| 3. Ronde | 10.08.2016 | Jahn Regensburg | - | Hallescher FC | 2:0 | ||||
| 4. Ronde | 13.08.2016 | FSV Frankfurt | - | Jahn Regensburg | 1:1 | ||||
| 5. Ronde | 27.08.2016 | Jahn Regensburg | - | VfR Aalen | 0:2 | ||||
| 6. Ronde | 10.09.2016 | Sportfreunde Lotte | - | Jahn Regensburg | 3:2 | ||||
| 7. Ronde | 17.09.2016 | Jahn Regensburg | - | Fortuna Köln | 2:2 | ||||
| 8. Ronde | 20.09.2016 | FSV Zwickau | - | Jahn Regensburg | 4:0 | ||||
| 9. Ronde | 24.09.2016 | Jahn Regensburg | - | SC Paderborn 07 | 3:0 | ||||
| 10. Ronde | 01.10.2016 | VfL Osnabrück | - | Jahn Regensburg | 1:2 |  |
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| 11. Ronde | 15.10.2016 | Jahn Regensburg | - | MSV Duisburg | 1:2 | |
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| 12. Ronde | 23.10.2016 | 1. FSV Mainz 05 II | - | Jahn Regensburg | 2:0 | ||||
| 13. Ronde | 29.10.2016 | Jahn Regensburg | - | 1. FC Magdeburg | 1:1 | |
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| 14. Ronde | 05.11.2016 | Werder Bremen II | - | Jahn Regensburg | 3:1 | ||||
| 16. Ronde | 26.11.2016 | Holstein Kiel | - | Jahn Regensburg | 2:1 | ||||
| 24. Ronde | 25.02.2017 | VfR Aalen | - | Jahn Regensburg | 1:2 | ||||
| 25. Ronde | 04.03.2017 | Jahn Regensburg | - | Sportfreunde Lotte | 2:0 |
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